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这种情况有可能是两种原因造成，第一，可能性最大是地温达不到生长要求，出现烂根【能看见的现象是烂茎】，第二种有可能化肥烧苗。
辣椒疫病， 主要症状：染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡。
可以用霜脲 · 锰锌，霜霉威，乙磷铝 · 锰锌，甲霜·锰锌 ，烯酰吗啉，霜霉 · 疫净，银法利(氟菌胺.双霉威)，普力克(霜霉威盐酸盐)等加叶面肥喷雾，间隔7天连续喷施一次。
这是土传病，枯萎病（又叫青枯病、根腐病），主要症状是叶片萎焉，根、茎部变黑褐色枯死；可以用些微生物农药，护根灵，强兴枯草芽孢杆菌，要用活菌数在1000亿/克的，可以溶于水的，用来滴灌施喷苗床，几天就控制好了，如果这次救不了，下次一定要用强兴枯草芽孢杆菌，泡种子再播种，这样可以从根源上避免土传病。
疫病烂果：多数先从蒂部染病，呈水渍状灰绿色斑，后迅速变褐软腐。潮湿天气，表面长出稀疏的白色霉层，病果干缩不脱落。其它部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。可喷64%杀毒矾与55%瑞毒霉混合液(50千克水中，两药各加100克)，或58%甲霜灵锰锌，7天1次连喷2～3次。
辣椒烂叶病可能是辣椒枯萎病，辣椒枯萎病发生时，叶片自下而上逐渐变黄，大量脱落。与地面接触的茎基部皮层呈水浸状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎。有时病情只在茎的一侧发展，形成条状坏死区，后期全株枯死。**根系呈水浸状软腐，皮层极易剥落，从茎基部纵剖，可见维管束变为褐色。在湿度大的条件下，病部常产生白色或蓝绿色的霉状物。该如何防治呢？
辣椒烂叶病防治措施
2、土壤处理，保护地栽培时，可在夏季高温季节利用太阳能进行高温土壤消毒，先,起垄，灌满水后全面铺上地膜，密闭棚室，使土温升高，保持地表以下20厘米处温度达45℃以上，保持20天。该方法还可杀死土壤中的其他病菌及害虫。
提示:
1.杀菌剂不能与碱性农药及生物制剂混用，以防出现药害。
2.喷施时要注意天气，避开高温和多雨季节，尽量选择早上或傍晚进行。
1、高温干旱
辣椒幼苗在定植后，其根部还是处于比较脆弱的一个状态。因此我们需要通过水肥管理来促使辣椒蹲苗，不过如果处在高温干旱环境中的话，那么辣椒苗根部的水肥吸收会因此而受到影响，导致植株下部叶片因为营养不良而出现黄叶现象。如果是因为这种原因造成的话，那么我们要适当喷洒叶面肥并且及时浇水促使幼苗尽快缓苗。尤其是在夏季极易出现高温黄叶的现象，大家一定要多多注意。
2、缺氮缺镁
辣椒苗在生长过程中，对营养的需求是比较大的，如果缺乏某种营养的话，那么也容易出现很多问题。而如果辣椒缺氮的话，那么植株会出现细弱、低矮且叶片又薄又小还黄化，严重的时候会落叶。因此我们要注意氮肥的施入，不过不可过多，避免辣椒出现徒长。缺镁也会导致辣椒黄叶，一般在始果期的时候发生，老叶叶脉会逐渐变黄，然后沿着叶脉逐渐扩展到整片叶子。如果缺镁的话要每隔一周左右喷洒一次硫酸镁等溶液。
3、缺钾缺钙
除此了缺氮缺镁之外，缺钾也是导致辣椒黄叶的一个主要原因。辣椒植株缺钾的话，那么会从叶片叶缘的位置逐渐失绿黄叶。而且植株中部的叶片也会逐渐黄化，这时要适当喷洒两次磷酸二氢钾，也可在追肥时提高钾肥比例。最后缺钙也会导致植株上部叶片发黄，而且植株还会因此矮化。植株生长点周围的叶片逐渐停止生长，严重时枯死。如果产生这种情况的话，要每隔五天左右喷洒一次氯化钙。
4、药害肥害
在种植辣椒进行施肥用药工作时，如果用量不当的话，那么植株极易产生药害肥害，如果没有及时处理的话，轻则导致黄叶减产，重则导致死亡。辣椒在产生药害之后，叶片会出现枯焦、黄化现象，不过没有扩展性。而发生肥害之后，辣椒叶片则会出现发黄、萎缩等现象。因此受到肥害药害时，我们要注意及时浇水进行稀释，也可追施适量的叶面肥或者是生长调节剂，再进行中耕工作，做好补救措施。
炭疽病
可用咪鲜胺，腐霉利，甲托，多菌灵，代森锰锌，烯唑醇，代森锰锌，百菌清，嘧菌酯等交替使用防治。
同时建议加入芸苔素和微肥，以提高植株抗病和生长能力。
由于农药企业生产工艺，含量，隐性成份，所以请根据病情到当地经销商寻求理想的杀虫剂和更好的解决方案。
以上建议仅供参考，希望对您有用
辣椒秧烂根，叶子有黄斑，是由辣椒根腐病所致。"辣椒根腐病"是辣椒常见的病害之一，各菜区均有发生，露地栽培、保护地栽培都可发病。以春季多雨、梅雨期间以及多雨的年份发病严重。发病严重时常造成根系腐烂、植株枯死。它属于一种土传病害。
[症状]：发病初期，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复。症状反复数日后，叶片全部萎蔫，有时叶片仍呈绿色。病株的根茎部及根部皮层呈淡褐色及深褐色腐烂，极易剥离，露出木质部。辣椒根腐病对湿度很敏感，湿度越大，发病越重。大水漫灌发病重，小水勤浇发病轻。
[病因]：辣椒根腐病的病原菌为腐皮镰孢菌，在土壤可以存活10年以上，传播渠道主要靠肥料、工具、雨水及流水传播。22℃～26℃最适合发病。湿度越大发病越重，大水漫灌发病重，小水勤浇发病轻。
[防治方法]：①合理轮作换茬。可与大白菜、甘蓝、大蒜、大葱等作物实行5年以上的轮作，减少土壤中病原菌数量。有条件的最好进行水旱轮作，或者与非茄科蔬菜轮作至少8年以上。②加强栽培管理，采用高垄覆地膜栽培。灌溉时尽量不要大水漫灌，有条件的可进行滴灌，并及时增施磷、钾肥，可以增强抗病力。③药剂防治：定植时用抗枯灵可湿性粉剂600倍液、恶霉灵可湿性粉剂3000倍液浸根10～15分钟，防效较好；定植缓苗后，开始灌第一次药，每7天1次，连灌3次。