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辣椒受根腐病、枯萎病、茎基腐病、青枯病等为害都会出现死棵。辣椒根腐病、辣椒枯萎病、辣椒茎基腐病，用咯菌腈或甲霜铜或络氨铜锌或恶霉灵或枯草芽孢杆菌或氯溴异氰脲酸或敌磺钠或五氯硝基苯淋灌根部和喷洒茎基部进行防治。辣椒青枯病，是细菌感染引起的病害，用中生菌素，或乙蒜素，或多抗霉素，或农用链霉素，或辛菌胺乙酸盐，或氯溴异氰脲酸，或春雷王铜，或噻菌铜，或噻森铜，或喹啉铜，或氢**铜，或**亚铜，或氧氯化铜，或甲霜铜，或络氨铜，或松脂酸铜等进行灌根防治。
辣椒苗烂根应该进行药剂防治，用烯酰吗啉喷雾可以彻底根治。 辣椒苗烂根有两种可能性土壤水分过多，导致植株沤根或是根系病害，也就是使用的育苗土壤或者移栽的地块含有病菌，导致辣椒育苗期或者移栽后受到侵染。 大棚辣椒沤根病一般在苗床或定植后的幼苗均可发病，发病初期可使秧苗幼根表面呈锈褐色，后逐渐腐烂，新根不发，导致地上茎叶变黄，植株萎蔫而死。播种前应对辣椒种子进行消毒，随即用新高脂膜拌种，驱避**病虫，隔离病毒感染，提高种子发芽率。 畦面整平，严禁大水漫灌，浇后及时中耕，并配合喷洒新高脂膜保墒保温，防止水分蒸发，同时应避免使用大量杀菌剂之类的药剂，加重辣椒沤根病的发生。 加强苗床温度管理，注意加大通风量，减少棚内湿度。辣椒沤根病发生初期，应及时划锄松土、提高地温，增强土壤透性。同时喷洒新高脂膜形成保护膜，防治气传性病菌的侵入。
首先是清水的降温作用
利用清水来降温可以从三个方面来操作：
一是日常浇水，利用水温降低土壤温度，对于大多数蔬菜来说，根系适宜的土壤温度在20-25℃之间，井水温度在14℃左右，在浇水后的中午高温时段，地温仍能保持适合根系生长的温度；
二是水渠储水降低棚温。这是青州一位菜农的经验做法，当前水渠的密闭性较好，完全能实现水的存储作用，所以，在上午10时左右，将水渠放满水，也能起到一定的降温作用；
三是喷施温清水给蔬菜补水。大家都知道，天气久阴乍晴后，植株整体活性差，根系吸收水分有限，或者是高温天气来临时，中午高温时段很容易出现萎蔫的状况，所以，菜农可以在上午9-10时之间，利用喷雾器喷洒温清水为蔬菜补充水分。
对于种植越夏茬蔬菜的棚室来说，建议在棚室钢丝处安装微喷，在中午高温时段，利用微喷降低棚室温度，同时增加空气湿度，减少病毒病的发生。
其次是缓解蔬菜异常状况
这里说的异常，主要是指急性萎蔫和药害。一旦蔬菜出现萎蔫情况后，还可以在喷洒的水中加入阿司匹林（5片一桶水），这样有利于关闭蔬菜叶子上的气孔，帮助叶片恢复。
当前季节，蔬菜生长旺盛，新生叶片耐药性差，个别菜农习惯上会将多种农药进行混配使用，极易引发药害。所以，一旦发现蔬菜有药害症状。应先喷施清水，稀释药剂，减轻危害，然后采取适当的遮阴措施，减少叶面蒸发量，同时喷施爱多收、含核苷酸的叶面肥，如光合动力等促进叶面尽快恢复。
种辣椒用什么肥料好的问题，种辣椒最好是用农家什肥作基肥，如家禽，畜肥加草木灰和腐植质等的堆肥，种后苗期适当施点稀肥水摧苗一下，根系发达后基本不要再施肥，利用基肥就足够了。